Успешно окончил Чурапчинскую семилетнюю школу. Отличник учебы и активный общественник один из первых артековцев республики. После окончания Чурапчинского педучилища работал заведующим Болтогинской начальной школы, учителем биологии и географии Чурапчинской семилетней школы. В 1943 г. был призван в ряды Красной Армии. В составе 649-го стрелкового полка Забайкальского фронта на Дальнем Востоке участвовал в войне с Японией. В 1946 году поступил в естественный факультет Якутского пединститута. В 1950 г. назначен завучем Чурапчинской средней школы. Начиная с 1952 года работал ассистентом, старшим преподавателем кафедры ботаники Якутского пединститута. Научная деятельность А.А. Макарова была сосредоточена на изучении растительного мира Якутии, в частности – лекарственных растений. В 1963 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Алкалоидоносные растения Центральной Якутии». В 1964-1972 гг. работал деканом, заведующим кафедры ботаники биолого-географического факультета ЯГУ. В 1973-1978 гг. работал проректором учебной части ЯГУ. Он автор 7 книг, 700 научных трудов. В разные годы Афанасий Акимович работал секретарем и членом партбюро, председателем профбюро факультета, членом парткома университета, занесен в Книгу Почета ЯГУ. Имя Афанасия Макарова присвоено Гербарию Института естественных наук СВФУ (Гербарий им. А.А. Макарова) и Улахан-Кюельской ООШ в Чурапчинском районе.